Ab 2001
Der S. Fischer Verlag tritt 2001 zum Frühjahrsprogramm mit einem grafischen Neuauftritt (Buchgestaltung und Werbung) an die Öffentlichkeit.
Start der auf 38 Bände angelegten Großen kommentierten Frankfurter Ausgabe (GKFA), der Werke, Briefe und Tagebücher Thomas Manns. Zum ersten Mal werden das gesamte Werk, eine umfangreiche Auswahl der Briefe und die Tagebücher in einer wissenschaftlich fundierten und ausführlich kommentierten Ausgabe zugänglich gemacht.
2002–2003 Verlegerin Monika Schoeller zieht sich im Oktober 2002 aus der operativen Leitung der S. Fischer Verlage zurück, bleibt aber ohne Ressort Vorsitzende der Geschäftsleitung. Die Programmgeschäftsführung übernehmen Jörg Bong (für den S. Fischer Verlag) und Peter Lohmann (für den Fischer Taschenbuch Verlag und den Bereich Unterhaltung). Jörg Bong bleibt bis 2019 Geschäftsführer (zuletzt Verlegerischer GF), Peter Lohmann bis 2008.
Ab 1.1.2003 gehört auch der Scherz Verlag zu den S. Fischer Verlagen.
2008 startet die Taschenbuchreihe »Fischer Klassik«. Idee des Programms ist es, die wichtigsten Autoren von der Antike bis zur Klassischen Moderne mit ihren bedeutendsten Werken zu präsentieren.
Das Werk von Alfred Döblin kehrt im Jahre 2008 zu S. Fischer zurück. Der in Paris lebende Sohn des großen Schriftstellers, Stephan Döblin, und das Frankfurter Verlagshaus unterzeichnen eine entsprechende Vereinbarung über die Weltrechte an dem umfangreichen Oeuvre.
2009 startet mit Fischer FJB das neue All-Age-Segment der S. Fischer Verlage.
Ab 2010
Der seit 1924 bestehende O.W. Barth Verlag wechselt zur Verlagsgruppe Droemer Knaur. Rechtzeitig zum 125-jährigen Verlagsjubiläum wird ein ganz besonderes Projekt Wirklichkeit: die Digitalisierung aller Hefte der seit 1890 erscheinenden Kulturzeitschrift »Neue Rundschau«.
2013 wird der „Fischer Kinder- und Jugendbuch Verlag“ gegründet. In ihm werden die Programme für die jungen Leserinnen und Leser (FISCHER KJB, FISCHER Sauerländer, FISCHER Duden Kinderbücher und FISCHER Meyers Kinderbücher) gebündelt.
2015 wird Peter Sillem S.Fischer-Programmgeschäftsführer - Jörg Bong wird zum Verlegerischen Geschäftsführer der S. Fischer Verlage berufen.
2017 tritt Siv Bublitz als Geschäftsführerin für Programm und Strategie in den Verlag ein und folgt auf Peter Sillem. Siv Bublitz löst 2019 Jörg Bong als Verlegerische Geschäftsführerin der S. Fischer Verlage ab.
Am 17. Oktober 2019 stirbt Monika Schoeller, die seit 1974 Verlegerin war.
2022: Die aktuelle Geschäftsführung der S. Fischer Verlage besteht aus Oliver Vogel und Dr. Gerd Robertz.